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甲基化正向转化率突破90%,TAPS转化酶原料国内首家发布

发布者:IVD资讯

发布时间:2024-01-30

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DNA甲基化是基因表观遗传学修饰的一种重要方式,是指在DNA甲基化转移酶(DNMT)的催化下,以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体,将活性甲基转移至DNA链中特定碱基上的化学修饰过程。在哺乳动物中,DNA甲基化主要发生在胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(CpG)岛5′端胞嘧啶上,生成为5′甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, m5C)。


随着分子检测的不断发展,甲基化qPCR检测以及甲基化NGS检测已成为非常普及的检测技术,这两种技术的必经之路就是甲基化转化,甲基化转化从方法学上可分为亚硫酸氢盐转化和酶法转化,从技术路线上可分为正向转化和反向转化,他们的区别如下:


TAPS酶转化 

原理:通过氧化酶将5mC和5hmC氧化成5caC,然后在还原剂的作用下,转变成DHU,通过PCR,最终将5mC和5hmC转化成T。

特点:1. 对DNA破坏性小,可以保留10kb的DNA片段。2. 由于是将甲基化的C转变为T,因此对DNA序列的碱基平衡影响极小,下机数据质量提高,可同时检测基因突变。3.转化后可用普通建库试剂盒建库。


DM-seq酶转化

原理:利用DNA羧甲基转移酶(CxMTase)保护所有未修饰的C。葡糖基化酶保护所有5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)。A3A脱氨酶对5mC进行脱氨,通过PCR最终将5mC变成T。

特点:1、对DNA破坏性小。2、可区分5mC与5hmC,5mC转化为T,因此对DNA序列的碱基平衡影响极小,下机数据质量提高。


亚硫酸氢盐转化 

原理:利用 NaOH 和亚硫酸氢钠对 DNA 进行处理的化学反应,在该化学反应过程中,胞嘧啶碱基被转化为尿嘧啶 (U),而甲基化的胞嘧啶则不会被转化。

特点:转化效率高,成为甲基化转化的金标准,但样本损伤较大。


EM-seq转化 

原理:氧化酶保护甲基化C和羟甲基化C ,脱氨酶转化非甲基化C,在该酶促反应过程中,胞嘧啶碱基被转化为尿嘧啶 (U),而甲基化的胞嘧啶则不会被转化。

特点:转化效率高,样本损伤小,成本高。


自从2019年TAPS技术问世,一直备受深耕在甲基化领域的老师们关注,看似简单的原理,却一直没法实现高转化率,老师们也尝试过不同的TET酶,却效果甚微。翌圣借助ZymeEditor(点击蓝字了解更多)酶改造及发酵纯化工艺平台,对TET酶进行改造,及不断优化纯化工艺,沉淀4年,首家推出适配TAPS转化的酶,且转化率突破90%,领先行业水平。


EM-seq和TAPS在转化的第一步都用到TET酶,这两个酶是否可以共用呢?答案是:不能;因为TAPS TET需要更强的氧化能力,原理如下:

 图1 EM-seq和TAPS的氧化原理


产品介绍

Recombinant Ten-Eleven Translocase 2.0(TET2.0, with buffer)是翌圣生物开发的一款高效用于甲基化位点转化的单酶。可以将甲基化的胞嘧啶(5mC)高效的转化成5fC和5caC。


产品性能


1、TET2.0的氧化效率

293T gDNA 样本中掺入1% 甲基化pUC19 DNA,样本打断后分别以10ng和100ng进行TET酶氧化,再经还原剂还原,还原的产物采用磁珠(Cat#12601)进行纯化,对纯化产物进行建库和测序,分析pUC19 DNA 5mC被转化的情况, 结果显示:10ng样本投入量的氧化效率>89%,100ng样本投入量的氧化效率>90%。

图2 TET2.0氧化效率


2、样本完整度分析

取完整的gDNA,一组未处理,另一组经TET2.0酶氧化和还原剂还原,还原的产物采用磁珠(Cat#12601)进行纯化,对纯化产物进行琼脂糖凝胶电泳,结果显示:TET酶处理组与未处理组条带大小几乎不变,说明TET酶对样本几乎没有损伤。


图3 TET2.0处理的样本完整度分析


3、TET2.0的稳定性分析

将TET 2.0在4℃放置14天或者冻融20次,然后与对照组一起进行甲基化转化和测序分析,如图所示:TET 2.0在4℃放置14天或者冻融20次,PUC19 5mC转化率几乎不受影响。


图4 TET2.0的稳定性分析


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